Nacido en la localidad mexicana de Guadalajara, Andrés Guardado ingresa en las categorías inferiores del Club Atlas de su ciudad natal con tan sólo 7 años de edad. Allí fue ascendiendo niveles siguiendo una magnífica proyección hasta llegar a la Primera División de México, donde debuta en 2005, con sólo 19 años. Al poco tiempo logró hacerse con un puesto como titular que mantendría durante 24 partidos consecutivos, marcando su primer gol en el 15 de octubre de 2005. Rápidamente se convirtió en uno de los ídolos de la afición y comenzaron a llegar rumores de intereses de equipos europeos, especialmente después del Mundial de 2006. Guardado jugó 64 partidos con el Atlas de Guadalajara en la Primera división mexicana, en los que anotó un total de 6 goles.

Cuando todo parecía indicar que el PSV Eindhoven se haría con su fichaje, fue finalmente el Deportivo de La Coruña el que consiguió cerrar su pase a cambio de 7 millones de Euros. Guardado no tardó en convertirse en un referente para los deportivistas. En sus cinco temporadas en el equipo blanquiazul, el mexicano jugó un total de 127 partidos de Liga, sumando un total de 23 goles y 28 asistencias. La temporada 2010-2011 y tras un año con más sombras que luces, el Deportivo descendió a Segunda División. Después de una gran campaña, y ya comprometido su fichaje con el Valencia, se convirtió en un jugador clave para el ascenso, con 11 goles y 12 asistencias. El 27 de mayo del 2012 se confirmó su fichaje por el Valencia CF como agente libre.

El mexicano debutó bajo las órdenes del técnico argentino Mauricio Pellegrino y como titular en la primera jornada de Liga, el 19 de agosto, ante el Real Madrid en el Santiago Bernabéu. Durante la irregular campaña del equipo, Guardado fue dejando progresivamente la posición de extremo izquierdo para reconvertirse en lateral zurdo. El futbolista terminó disputando 44 partidos durante aquel primer curso, en los que anotó un gol. Su segundo curso, bajo la batuta del nuevo técnico Miroslav Dukic, siguió ocupando el puesto de lateral izquierdo, disputando la titularidad con el valenciano Juan Bernat. En el mercado de invierno, tras haber disputado 22 partidos oficiales con el Valencia CF, y dado que el club prefirió apostar por el joven canterano, Guardado se marchó cedido al Bayer Leverkussen hasta finalizar la temporada, donde participó en 6 partidos de Liga.

Tras una participación destacada con la Selección mexicana en la Copa del Mundo 2014, Guardado hizo la pretemporada con el Valencia dentro del nuevo proyecto de Peter Lim y el técnico Nuno Espírito Santo. Sin embargo, con el puesto cubierto con José Luis Gayà y Lucas Orbán, se acuerda una nueva cesión, esta vez al PSV Eindhoven, que ya había intentado su fichaje años atrás. Allí permanece durante tres exitosas temporadas, en las que consigue 4 goles y 23 asistencias en 102 partidos oficiales, conquistando dos Ligas y dos Supercopas con el equipo holandés. El 6 de julio de 2017, el Real Betis confirmó la llegada de Andrés Guardado a cambio de 2,5 millones, firmando un contrato con el conjunto andaluz por 3 temporadas.