Jonas Gonçalves nació en Taiuva, un municipio del estado brasileño de Sao Paulo, y comenzó a jugar al fútbol en las categorías inferiores del FC Guaraní, de la ciudad de Campinas. Tras una larga y fructífera progresión como delantero, debutó en el fútbol profesional a los 20 años de edad, en 2003. Su mejor campaña fue la 2005-2006, en la que logró marcar 12 goles en 26 partidos, completando muy buenas apariciones y llamando la atención de los ojeadores de los grandes clubes brasileños. En enero de 2006 Jonas fichó por el Santos, uno de los principales clubes del país sudamericano, debutando por fin en la Primera División brasileña y consiguiendo ganar el Campeonato Paulista. El ariete marcó 10 goles en 37 partidos con el equipo blanquinegro, sin embargo, durante la competición sufrió una grave lesión en la rodilla que le obligó a pasar por el quirófano, quedando en el dique seco durante seis meses.

En 2007 Jonas volvió a los terrenos de juego, y en el mes de septiembre fichó por el Gremio de Porto Alegre, club en el que permaneció durante cuatro temporadas, con una cesión intermedia a la Portuguesa, con la que marcó 10 goles en 25 partidos en la temporada 2008-2009. La capacidad goleadora de Jonas en el Gremio tomó una progresión aritmética, ya que en cuatro cursos el futbolista llegó a anotar 78 dianas en 151 partidos oficiales, pasando a ser conocido como «O Detonador» por sus seguidores. El curso de 2010 fue el mejor en la carrera de Jonas, al coronarse como máximo goleador del campeonato Gaucho y del Campeonato Brasileño y convertirse, junto a Neymar, en el único jugador en superar la barrera de los 40 goles.

El 24 de enero de 2011, el Valencia CF aprovechó la situación del jugador, que estaba a punto de finalizar su contrato, para lograr su contratación a cambio de 1,25 millones de euros. Jonas debutó con el club valencianista en Mestalla, el 19 de febrero de 2011, en un empate sin goles contra el Sporting de Gijón. Pero el brasileño tardó poco en demostrar su ferocidad goleadora, ya que en el siguiente partido, saliendo desde el banquillo, marcó el gol de la victoria frente al Athletic Club en San Mamés. El delantero anotó 3 goles en los 15 partidos que disputó aquella primera media temporada, pero a partir de ahí su contribución anotadora fue aumentando progresivamente, y sus participaciones con el equipo blanquinegro, tanto en competición doméstica como en competiciones europeas, le convirtieron en uno de los mejores realizadores de las principales Ligas del continente.

Junto a Roberto Soldado, formó una pareja letal en el ataque que logró clasificar al equipo para la Champions League durante varias campañas consecutivas. Como dato anecdótico, el futbolista carioca logró marcar el 1 de noviembre 2011 el segundo gol más rápido de la historia de la Liga de Campeones frente al Bayer Leverkusen. Sus buenas actuaciones le permitieron ser convocado con la selección de Brasil en marzo de 2011, bajo el mando de Mano Menezes, debutando en un partido amistoso contra Escocia. En el verano de 2014, Jonas había disputado un total de 139 encuentros con la camiseta del Valencia CF, en los cuales había marcado 62 goles y había dado 20 asistencias. Una cifra colosal, muy por encima de las expectativas generadas con su llegada cuatro años atrás. Pero pese a su sensacional rendimiento, la llegada del entrenador portugués Nuno Espírito Santo, le relegó a un segundo plano y el club decidió rescindir su contrato, por lo que el futbolista quedó libre y fichó por el Benfica. Una polémica decisión que no terminó de sentar bien entre los aficionados, más aún al ver su explosión goleadora en el campeonato portugués. Entre 2014 y 2018, Jonas marcó 101 goles en 126 partidos entre Liga y competiciones europeas, logrando el Pichichi portugués en dos ocasiones y conquistando 3 Ligas, 3 Copas y 1 Supercopa de Portugal.