Nacido en el barrio valenciano de Nazaret, Ximo Navarro comenzó a practicar el fútbol como hobbie en el equipo de su barrio, el Atlético Benimar, donde fue descubierto por un ojeador del Valencia, que lo contrató para jugar en las categorías juveniles del club de Mestalla. Allí fue progresando hasta llegar al Mestalla, donde coincidió con el técnico Óscar Fernández, que retrasó su posición de interior a defensa lateral derecho.

Su progresión y su trabajo fueron recompensados cuando dos años después, en la temporada 2008-2009, el técnico del primer equipo, Unai Emery, (entrenador del Valencia) le llevó a Alzira para disputar un amistoso a principios de octubre de 2008, y posteriormente confió en el para jugar ante el Portugalete en la Copa del Rey. En esta competición hizo su debut oficial con el primer equipo, jugando los dos partidos de la eliminatoria como titular.

En el verano de 2009, Navarro fue cedido al Elche CF en busca de más minutos y experiencia. Tras una irregular campaña, Ximo Navaro regresa al Mestalla, completando una gran temporada y contribuyendo al ascenso del equipo a la Segunda División B. Pese a ello, en julio de 2011 el jugador llega a un acuerdo con el Valencia para rescindir su contrato y firmar con el Asteras Tripolis griego por 3 temporadas, comenzando un largo periplo por diversos equipos de la Superliga griega.