Nacido en la localidad malagueña de Vélez-Málaga, Javi Guerra se formó futbolísticamente como delantero centro en la cantera del Motril CF, club con el que debutó a los 20 años en la Segunda División B el 29 de septiembre de 2002 bajo las órdenes de Juan Carlos Hontoria contra el Melilla. En su primer año hizo 7 goles en 27 encuentros, por lo que rápidamente llamó la atención de los clubes de categorías superiores. En 2003 fichó por el Cádiz, pero al no contar para el técnico José Manuel González marchó cedido al Varzim portugués en el mercado de invierno.

Finalizada la campaña, los ojeadores del Valencia vieron en él un alto potencial y futuro como goleador, por lo que lo incorporaron al filial valencianista, con el que marcó un total de cuarenta y cinco goles en setenta y cinco partidos entre el 2005 y el 2007. Sus buenas actuaciones con el Mestalla le llevaron a disputar tres encuentros con el primer equipo, de la mano de Quique Sánchez Flores. Como titular, disputó un encuentro amistoso ante el Colorado Rapids de los Estados Unidos (4-3), y como suplente, llegó a participar en dos partidos oficiales de Primera División, ante el Getafe CF en Madrid (0-3) y contra el RCD Español en Mestalla (3-2).

En junio de 2007, Guerra buscó mejores oportunidades y más minutos en la Segunda División, primero con el Granada 74 en la temporada 2007-2008 (8 goles en 39 partidos), y la campaña siguiente con el Deportivo Alavés (9 tantos en 40 encuentros), con la mala fortuna de vivir el descenso a la Segunda B en ambos casos. En el equipo vasco jugó cedido por el RCD Mallorca, que se había hecho con sus servicios, y la temporada siguiente, la 2009-2010, volvió a salir cedido al Levante UD, equipo con el que anotó 12 tantos en 37 encuentros, convirtiéndose en el segundo máximo goleador del equipo y logrando el ascenso a Primera División.

En el verano de 2010, Javi Guerra fichó por el Real Valladolid, que pagó por él un total de 300.000 euros. En su primer curso marcó un total de veintinueve goles, veintiocho en Liga y uno en el play-off de ascenso, siendo el máximo goleador del conjunto blanquivioleta, y máximo goleador de la historia del club en una temporada en Segunda División. En su segunda temporada, logró finalmente el ascenso con el conjunto castellano, marcando diecisiete goles en Liga y tres en la promoción de ascenso. Permaneció dos temporadas más en el conjunto castellano-leonés, completando un total de 67 partidos en los que hizo 23 dianas.

Tras el descenso del Real Valladolid en 2014, el futbolista decide aceptar una oferta por tres años del Cardiff City, recién descendido a la Football League Championship inglesa. Tras un complicado periodo de adaptación, el delantero sale cedido al Málaga en el mercado de invierno, donde marca 5 goles en 13 partidos. Su buen rendimiento con el conjunto andaluz le permite recibir una interesante oferta para regresar a España, firmando un contrato con el Rayo Vallecano. En su primera temporada, Javi marca 12 goles en 30 partidos, convirtiéndose en uno de los mejores goleadores nacionales de la Liga, pero no puede evitar el descenso del conjunto madrileño a Segunda División. En su segundo curso, el ariete marca 9 goles en 34 encuentros.